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Add a DICOM media set(添加 DICOM 媒体集)

This guide will walk through how to import DICOM (.dcm) files to Foundry as a media set.

Diagram that shows the steps needed to use DICOM files in Foundry.

Part 1: Import DICOM files

First, you will need to create a new media set and add the DICOM files to the media set.

  1. Navigate to the folder in which the media set will be created. Select New > Media set.

    Add new media set.

  2. Enter a name for your media set. Select DICOM as the media type and select Batch as the latency. Select Create media set to create the DICOM media set.

    Create a DICOM media set.

  3. Next, add one or more .dcm files to the media set.

    Add files to media set.

The DICOM media set type includes metadata such as Patient ID and Study ID.

You can select a DICOM file and drag left and right and up and down to change the contrast and exposure.

Drag up and down and left and right to change the contrast and exposure.

Part 2: Create object type

Next, you will need to create a new pipeline to transform the media set to an object type that you can use in Foundry.

Learn more about creating pipelines for media sets.

  1. Create a pipeline by selecting Create new pipeline from the All actions dropdown.

    The Create new pipeline option is highlighted.

  2. The media set will automatically be added to the pipeline. Select Transform to convert the media set to a table.

    The Transform option is highlighted.

  3. Select Convert media set to table rows, then select Apply.

    Media set transform to a table.

In the resulting table, each row represents a DICOM file in the media set.

Table with four rows that correspond to four DICOM files in the media set.

  1. Create an object type by selecting Add pipeline output from the Pipeline outputs menu in the right panel.

    The Add pipeline output option is highlighted.

Select the Object type option.

Add object type pipeline output.

  1. Enter a name for the object type, for example DICOM media set. You can set the Media Item Rid property as the primary key by selecting the three dots to the right of the property and then selecting Set as primary key.

    DICOM media set file mapping.

When you are finished, you can save and deploy the pipeline.

After the pipeline is deployed, you can view the object type in Object Explorer or Ontology Manager.

(Optional) Part 3: Create Workshop module

You can open Workshop by selecting Create Workshop module.

Create Workshop module.

Workshop will automatically generate helpful widgets like an object table and preview.

Workshop module with an object table for DICOM files.

Learn more about creating widgets in Workshop.


中文翻译


添加 DICOM 媒体集

本指南将介绍如何将 DICOM(.dcm)文件作为媒体集导入 Foundry。

图表展示了在 Foundry 中使用 DICOM 文件所需的步骤。

第一部分:导入 DICOM 文件

首先,您需要创建一个新的媒体集,并将 DICOM 文件添加到该媒体集中。

  1. 导航到要创建媒体集的文件夹。选择 新建 > 媒体集

    添加新媒体集。

  2. 为媒体集输入名称。选择 DICOM 作为媒体类型,并选择 批量 作为延迟。选择 创建媒体集 以创建 DICOM 媒体集。

    创建 DICOM 媒体集。

  3. 接下来,将一个或多个 .dcm 文件添加到媒体集中。

    向媒体集添加文件。

DICOM 媒体集类型包含元数据,例如 患者 ID(Patient ID)和 研究 ID(Study ID)。

您可以选中一个 DICOM 文件,然后左右或上下拖动以调整对比度和曝光度。

上下左右拖动以调整对比度和曝光度。

第二部分:创建对象类型

接下来,您需要创建一个新的管道,将媒体集转换为可在 Foundry 中使用的对象类型。

了解有关为媒体集创建管道的更多信息

  1. 所有操作 下拉菜单中选择 创建新管道 来创建管道。

    “创建新管道”选项已高亮显示。

  2. 媒体集将自动添加到管道中。选择 转换 以将媒体集转换为表格。

    “转换”选项已高亮显示。

  3. 选择 将媒体集转换为表格行,然后选择 应用

    媒体集转换为表格。

在生成的表格中,每一行代表媒体集中的一个 DICOM 文件。

包含四行的表格,对应媒体集中的四个 DICOM 文件。

  1. 从右侧面板的 管道输出 菜单中选择 添加管道输出 来创建对象类型。

    “添加管道输出”选项已高亮显示。

选择 对象类型 选项。

添加对象类型管道输出。

  1. 为对象类型输入名称,例如 DICOM 媒体集。您可以通过选择属性右侧的三个点,然后选择 设为主键,将 媒体项 RID(Media Item Rid)属性设为主键。

    DICOM 媒体集文件映射。

完成后,您可以保存并部署管道

管道部署后,您可以在对象浏览器(Object Explorer)或本体管理器(Ontology Manager)中查看该对象类型。

(可选)第三部分:创建 Workshop 模块

您可以通过选择 创建 Workshop 模块 来打开 Workshop。

创建 Workshop 模块。

Workshop 将自动生成有用的组件,例如对象表格和预览。

包含 DICOM 文件对象表格的 Workshop 模块。

了解有关在 Workshop 中创建组件的更多信息